1947年2月,華東軍區(qū)·第三野戰(zhàn)軍衛(wèi)生部醫(yī)學(xué)院(簡(jiǎn)稱華東醫(yī)學(xué)院)在山東省沂源縣曹莊成立。
1949年1月,淮海戰(zhàn)役勝利結(jié)束后,華東軍區(qū)兼第三野戰(zhàn)軍黨委決定招生辦學(xué)。當(dāng)年3月。由第三野戰(zhàn)軍前方衛(wèi)生部和華東醫(yī)學(xué)院抽調(diào)干部組成招生組,在江蘇省揚(yáng)州市設(shè)立華東醫(yī)務(wù)干部學(xué)校,不久改名為華東醫(yī)學(xué)院,共招收新生800余人。同年6月,學(xué)院遷至江蘇省蘇州市滄浪亭。
1949年5月,上海解放,上海市軍事管制委員會(huì)軍事接管委員會(huì)派員進(jìn)駐上海江灣區(qū)五角場(chǎng)原國(guó)民黨國(guó)防醫(yī)學(xué)院,接管了學(xué)院校舍和國(guó)民黨聯(lián)勤第二總醫(yī)院的全部設(shè)備及院長(zhǎng)等工作人員475人。
1949年9月12日,華東軍區(qū)人民醫(yī)學(xué)院正式成立并舉行開(kāi)學(xué)典禮。學(xué)院隸屬于華東軍區(qū)后勤部。
1950年10月,中央軍委命令,將醫(yī)學(xué)院命名為中央人民政府人民革命軍事委員會(huì)上海軍醫(yī)大學(xué),隸屬于中國(guó)人民解放軍總后勤部,華東軍區(qū)政治部主任舒同題寫(xiě)了校名。
1951年7月9日,學(xué)校正式定名為第二軍醫(yī)大學(xué),校名由陳毅元帥題寫(xiě)。
1954年,制定了軍醫(yī)和藥學(xué)專(zhuān)業(yè)新的教學(xué)計(jì)劃和大綱,并完善了辦學(xué)體系。 1955年,創(chuàng)辦了衛(wèi)生勤務(wù)學(xué)系。
1960年,增設(shè)了海軍醫(yī)學(xué)系。
第二軍醫(yī)大學(xué)
1961年,開(kāi)始承擔(dān)外軍醫(yī)學(xué)留學(xué)生培訓(xùn)任務(wù)。1969年8月29日,“文化大革命”期間,軍委辦事組批準(zhǔn)總后勤部黨委《關(guān)于醫(yī)科院校調(diào)換校址的報(bào)告》,第二軍醫(yī)大學(xué)于當(dāng)年10月奉命遷至陜西省西安市長(zhǎng)樂(lè)路第四軍醫(yī)大學(xué)原校址。學(xué)校奉命搬遷到西安現(xiàn)第四軍醫(yī)大學(xué)校址。 1975年7月,學(xué)校經(jīng)中央軍委批準(zhǔn)遷回上海原址。
1981年11月,經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn),學(xué)校成為全國(guó)首批博士和碩士學(xué)位授予單位。
1997年,學(xué)校成為國(guó)家“211工程”重點(diǎn)建設(shè)院校。
1999年,海軍醫(yī)學(xué)高等專(zhuān)科學(xué)校并入第二軍醫(yī)大學(xué)。入選國(guó)家“211工程”,學(xué)校教、醫(yī)、研等各項(xiàng)工作得到了快速發(fā)展,并以優(yōu)秀成績(jī)通過(guò)了國(guó)家“211工程”三期、軍隊(duì)“2110工程”二期和總后“530工程”一期驗(yàn)收。
2003年,學(xué)校獲批全國(guó)首個(gè)護(hù)理學(xué)博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科。 2012年,入選教育部衛(wèi)生部第一批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃項(xiàng)目試點(diǎn)高校。
2013年,入選國(guó)家第一批臨床醫(yī)學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位研究生培養(yǎng)模式改革試點(diǎn)高校。
2016年,學(xué)校由隸屬于原中國(guó)人民解放軍總后勤部轉(zhuǎn)隸中國(guó)共產(chǎn)黨中央軍事委員會(huì)訓(xùn)練管理部。
2017年6月,因軍隊(duì)改革,學(xué)校由軍委訓(xùn)練管理部轉(zhuǎn)隸海軍,并更名為中國(guó)人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué),對(duì)外保留第二軍醫(yī)大學(xué)校名。9月,入圍首批國(guó)家“雙一流”世界一流學(xué)科建設(shè)高校名單。 2022年2月,入選第二輪“雙一流”建設(shè)高校及建設(shè)學(xué)科名單。