獲任邊寄
天啟七年(1627年)九月信王朱由檢即位,是為崇禎帝。不久后,魏忠賢被扳倒,楊鶴、楊嗣昌父子亦先后被起用。崇禎帝還未登基時,就看過楊嗣昌的《地官集》等書,贊嘆楊嗣昌的才能。 崇禎元年(1628年)楊嗣昌分巡河南汝州道,加右參政,不久后移霸州道。
崇禎四年(1631年)九月遷整飭山海關(guān)內(nèi)監(jiān)軍兵備道。此時,他的父親楊鶴因為總督陜西三邊軍務(wù)任上招撫流寇神一魁失敗,被下獄論死,楊嗣昌聞訊后三次上疏請求辭職,以代父罪。結(jié)果崇禎帝免了楊鶴的死罪,而改戍江西袁州,然而卻沒有讓楊嗣昌辭職,還多次溫言撫慰,激勵他盡職任事。 崇禎五年(1632)五月被任命為都察院右僉都御史巡撫山(海關(guān))、永(平府)等處地方提督軍務(wù),他在任內(nèi)整飭防務(wù),修筑山海關(guān)兩翼城。
崇禎七年(1634年)九月被提拔為兵部右侍郎兼宣大山西三鎮(zhèn)總督,赴任后六次上疏陳述邊事,并主張開礦招工以瓦解亂黨,多所規(guī)劃,給皇帝的印象是異才可用。不久后,楊鶴去世于袁州,楊嗣昌回家丁憂,一年后又遭繼母丁氏之喪。 崇禎九年(1636年)十月命楊嗣昌接任兵部尚書。楊嗣昌三疏請辭,崇禎帝不許。
崇禎十年(1637年)三月抵京赴任,開始活躍于政治舞臺的中心。