福建省平潭綜合實驗區(qū)管理委員會（簡稱平潭綜合實驗區(qū)管委會），是福建省平潭綜合實驗區(qū)的行政管理機關、福建省人民政府的派出機關，與中國共產(chǎn)黨福建省委員會的派出機構中國共產(chǎn)黨福建省平潭綜合實驗區(qū)工作委員會（簡稱平潭綜合實驗區(qū)黨工委）合署辦公，實行“兩塊牌子，一套人馬”的體制。

2009年7月，福州（平潭）綜合實驗區(qū)管理委員會成立， 2010年2月更名為福建省平潭綜合實驗區(qū)管理委員會，行政級別升格為正廳級。區(qū)黨工委、管委會駐地位于福州市平潭縣潭城鎮(zhèn)。

歷史沿革

2009年7月底，中共福建省委八屆六次全會作出了設立福州（平潭）綜合實驗區(qū)的決定。

2009年8月27日上午，福建省福州市平潭縣召開四套班子聯(lián)席會議，中共福州市委副書記、組織部長周振華在會上宣布了中共福建省委員會一項重要人事任命決定：杜源生同志任中共福州市委常委、福州(平潭)綜合實驗區(qū)管委會主任，全面主持實驗區(qū)工作。

2009年9月3日，中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區(qū)工作委員會、福州（平潭）綜合實驗區(qū)管理委員會正式成立，在當天召開的平潭縣四套班子領導會議上，中共福州市委組織部副部長柳欣在會上宣布了中共福州市委員會關于福州（平潭）綜合實驗區(qū)人事任命決定：杜源生同志任中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區(qū)管委會工作委員會書記，林義銘、陳東榮、陳文波任中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區(qū)管委會工作委員會副書記；林義銘、陳東榮、陳文波、左美俊任福州（平潭）綜合實驗區(qū)管委會副主任；左美俊、金昌明、林杰、藍桂蘭、成蘇明、歐小寧、俞天成、陳詩強、陳行武、林翔任中共福州市委福州（平潭）綜合實驗區(qū)管委會工作委員會委員。

福州（平潭）綜合實驗區(qū)在體制上將采取混合型管理模式，即實行“政區(qū)合一”（行政區(qū)+實驗區(qū)）管理模式，以期實現(xiàn)機構精簡、事權統(tǒng)一、運行高效。

2010年2月，福州（平潭）綜合實驗區(qū)更名為福建省平潭綜合實驗區(qū)，升格為地市級行政級別。